O Linux é normalmente instalado em uma partição nativa separada (do tipo ext2, ext3, reiserfs,...) residente em qualquer disco rígido. A instalação também pode ser feita em diferentes partições com o respectivo mount point (exemplo: /, /root, /boot, /bin, /var, /usr, /etc, /home ...), obtendo uma melhor performance no acesso ao disco e mais segurança dos dados em caso de falha do disco, já que os dados estão distribuídos. A única restrição é quanto à partição /boot, que contém o kernel do Linux, que não deve exceder os 1024 cilindros iniciais do disco rídigo. A partir da versão do SuSE Linux 7.0 com o kernel 2.4. não existe mais esta restrição.

Sendo assim, o Linux pode coexistir com qualquer sistema operacional já instalado (MS-DOS, OS/2, Windows 95/98/NT, Unix), mantendo-se completamente independente dos mesmos. Para isso, cada sistema sistema operacional deve ser mantido em suas partições adequadas.

Não é necessário nenhum sistema operacional para instalar ou iniciar o Linux, pois trata-se de um sistema completo e não possui qualquer dependência com os demais. Apesar disso, existem muitas ferramentas que permitem a instalação a partir do MS-DOS, assim como o compartilhamento de arquivos entre partições DOS e Linux, apenas porque muitos usuários já possuem MS-DOS instalado em suas máquinas. O loadlin, por exemplo, é um utilitário que permite a inicialização do Linux a partir do DOS.

Há também um tipo opcional de instalação que permite o Linux utilizar uma partição FAT16 do MS-DOS existente (essa opção de instalação é geralmente referida com UMSDOS¹). Apesar desse método diminuir sensivelmente o desempenho do Linux e possuir algumas limitações, ainda é uma boa alternativa para fins demonstrativos.